２種類以上の点眼薬を使用する場合は，点眼間隔と点眼順序に注意が必要です。２種類以上の点眼剤を使用している場合，少なくとも５分以上の間隔をあけて点眼します。粘性・油性点眼薬のように結膜嚢内に長く滞留する点眼薬は少し長く間隔をあけます。次に点眼順序は，①最も効果を期待する重要な点眼薬は最後に点眼。②懸濁性点眼薬は，水に溶けにくく吸収されにくいので後から点眼。③油性点眼液と眼軟膏は疎水性であり水性点眼剤をはじくので後に点眼・点入，④点眼後にゲル化する点眼液はうすい膜が形成されるので，他の点眼液を点眼して10分の間隔をあけて最後に点眼，⑤臨床経験によって効果が高いことがわかっている場合は，その順序で点眼，もちろん医師の指示がある場合は，指示に従います。

水溶性点眼薬　⇒　懸濁性点眼液　⇒　油性点眼液　⇒　眼軟膏　の順に点眼

目薬をさすと目薬は目の表面にある涙と混じり合い，薬も涙と一緒に喉のほうへと流れていきます。流れた薬は鼻の粘膜から吸収され，内服した時と同じような全身性の副作用を起こすことがあります。点眼した後すぐに目頭を押さえておくと，副作用を防ぐことができ薬の効果も高くなります。

指示のある場合は，それに従います。特にない場合，直射日光をさけ，なるべく涼しい場所に保管しましよう。
開封後は，汚染の危険性があるので，キャップをしっかりしめて，添付の投薬袋に入れて，特に指示のない場合でも，直射日光は避け，なるべく涼しい，幼児の手の届かない場所に保管します。また，開封後は，なるべく早く使い切りましょう。
温度に不安定な点眼薬は，「冷所保存」など温度の条件が記載されています。また，用時溶解型点眼薬は溶解後の温度安定性が悪い製品が多く保管方法には注意が必要です。

点眼剤の定められている使用期限は未開封で，正しい保管方法の場合の使用期限であり，一般に有効成分が基準の90％以上あるものを規格内としています。開封後は取り扱い方により汚染の危険性があり，ほとんどの点眼薬には開封後の使用期限は決められていません。特別指定がない場合，医療用点眼薬は５mLの容器であり，１滴量約30～50μLであるので約１カ月，一般用点眼薬は，容量が多い（約15mＬ）ので約３カ月が開封後の使用期限の目安となっています。点眼の際には，点眼液の中に浮遊物や濁りの有無を確認して，もし浮遊物や濁りが認められた場合は使用しないようにしましょう。